امیرخلف، آخرین فرد از خاندان صفارى است که براى مدتى کوتاه بر سیستان بهطور مستقل حکومت کرده، با سامانیان و غزنویان و دیالمه روابط سیاسى و نظامى داشته است. مردم سیستان از قدرت غزنویان نیز دلخوشى نداشتند و اگر تسلیم آنان شدند، به علت رفتار ناشایست امیرخلف بود. به همین سبب، عصیان و شورش آنان در طول تاریخ غزنویان ادامه داشت ولى فرد قدرتمندى که بتواند این شورشها را نظم بخشیده و حکومتى مستقل تشکیل دهد، وجود نداشت.
سلجوقیان در دوره تسلط خود بر سیستان گاهى از بازماندگان این خاندان براى اداره سیستان استفاده کردهاند و چند تن از نوادگان امیرخلف، از جمله طاهربن محمدبن طاهربن خلف، طاهربن نصربن احمدبن خلف، ملک تاجالدین و شمسالدین محمد به حکومت رسیدهاند (احیاءالملوک؛ ص ۷۳، تاریخ جهانآرا، ص ۹۷ و ۹۸. تذکرهالشعرا، ص ۸۴).
همچنین سکههائى مسین با نام نصربن بهرامشاه صفاریو حرببن محمد صفارى موجود است که نام خلیفه عباسی، الناصرالدین، در روى آنها ضرب شده است. این سکهها بیانگر ادامه حکومت خاندان صفاری، مقارن خوارزمشاهیان در سیستان است.
سلطان محمد خوارزمشاه نیز در جریان حمله چنگیز از نصره الدین، حاکم سیستان، کمک خواسته است که گفته مىشود از خاندان صفارى بود که در آن منطقه حکومت مىکرد (احیاءالملوک، ص ۷۵).حتى نشانههائى از این خاندان در دوره تسلط مغول و تیمور نیز یافت مىشود و سرانجام در دوره صفویه، حکومت سیستان در دست قزلباش قرار گرفت.
در دوران سلطنت شاه عباس اول، شخصى بهنام ملک شاه حسینبن ملک غیاثالدین محمدبن ملک محمود سیستانی، به تألیف کتاب احیاءالملوک، در تاریخ صفاریان و سیستان پرداخت. او خود را از شاهزادگان صفارى مىدانست. البته در انتساب واقعى این افراد به خاندان صفاری، جاى تردید است. مؤلف تاریخ کرمان از ملک شمسالدین یاد مىکند که در سال ۱۰۲۲هـ.ق بر کرمان مسلط بود و خود را از نژاد صفارى مىدانسته و مىافزاید بعضى ارباب سیر اصل او را عرب دانند (تاریخ کرمان، ص ۶۲۴).